云南高原土著鱼研究院是根据《科技部印发<促进新型研发机构发展的指导意见>的通知》（国科发政【2019】313号），云南省科学技术厅、云南省民政厅、云南省市场监督管理局、云南省人力资源和社会保障厅联合发布《云南省促进新型研发机构发展实施方案》（云科联【2021】7号），由云南茂湾水产养殖有限责任公司与云南大学共同发起设立的，于2022年10月12日在云南省民政厅完成登记注册，取得相关证照，成为云南省首批新型研发机构，云南省科学技术厅为研究院的主管单位。
云南高原土著鱼研究院作为新型研发机构，体现“研发、转化、孵化、服务和人才”为一体的混成性质，科技、产业、服务、资本四要素融通融合；既是科技研发组织，也是转移转化组织、孵化服务组织、资本和人才组织，因而是更加有效的综合赋能组织；引领各类平台组织发展，更加有效的促进渔业产业创新，提升区域创新体系综合效能，在地方创新发展的产业生态中发挥缔造者或缔结者的建设作用。
研究院以云南土著鱼类种质资源为依托，不忘初心，牢记“保护土著鱼、保护高原湖泊、提供绿色产品”的嘱托和使命，以发展云南高原特色渔业产业为目标，采用多元化的运营模式，产、学、研、推、用相结合，与国内科研院企开展合作，整合国内外水产研究先进科技成果，引进培养高端科技和产业领军人才团队，建设高水平土著鱼类种质资源保育中心，努力将研究院建设成高标准、高质量、高效率的高原特色渔业新型研发机构。
研究院主要研究内容，一是云南土著鱼类种质资源收集保护、繁育、养殖、种群数量恢复（增殖放流）、净水渔业的技术研究和推广应用；二是鱼类物种多样性保护、高原湖泊生态环境保护、水体内源治理及修复的技术研究和应用；三是土著鱼类产业化发展、科技创新、乡村振兴及致富增收、绿色食品产品的研发技术与应用。重点攻克种质资源收集保护、遗传多样性、基因工程、良种繁育、水产种业工程、产业化养殖、鱼病防治、净水渔业、生物多样性保护及种群数量恢复、湖泊生态环境保护及内源治理等领域的技术难题。
研究院将积极发挥资源整合及技术成果向企业快速转化的桥梁作用，为水产实体企业的高质量发展提供强有力的技术支撑。一是将研究成果向茂湾水产等优势企业转化，把全国水产优异种质资源-鱇浪白鱼进行产业升级,同时开发生产出更多品种、更多数量的优质云南土著鱼种苗，带动当地渔业企业和养殖农户的产业发展；二是为滇池、洱海、抚仙湖、程海、泸沽湖、杞麓湖、异龙湖、星云湖、阳宗海等九大高原湖泊实施“以水养鱼、以鱼治水”生态环境内源治理工程，众多江河增殖放流提供充足优质的土著鱼苗种，维护生物多样性；三是对云南土著鱼进行产业化开发，打造极具高原特色“云鱼”品牌，为实现鱼产品供给侧改革和渔业产业可持续发展做出新的担当和贡献。